Sabemos que a infraestrutura das prefeituras não são as ideiais, os profissionais de TI fazem seu melhor com o pouco recurso que tem, isso que nen falamos da alta demanda e diversidade de serviço.
Para ativar o HTTPs SSL em um ambiente desses, recomendo fortemente o uso da ferramenta GoSSL, um software na nuvem que gera o certificado e encaminha a requisição para o servidor do E-SUS independente da porta que ele esteja executando.
Confira o site https://gossl.link